Создан по решению Синода от 16 июля 1995 г. В задачи Отдела входит осуществление взаимодействия Русской Православной Церкви с Вооруженными силами Российской Федерации, правоохранительными органами, воинскими частями и иными воинскими формированиями на территории РФ и военными базами за рубежом в интересах координации и практического осуществления пастырской и духовно-просветительской работы с верующими военнослужащими, гражданским персоналом, сотрудниками правоохранительных органов и членами их семей.
Первым председателем Отдела стал епископ Красногорский Савва (Волков). В наст. время председатель Отдела - еп. Бронницкий Савватий (Загребельный; журнал Синода № 45 от 6 июня 2012).
Впервые почти через 8 десятилетий был восстановлен специальный синодальный орган, предназначенный для организации пастырского попечения о российских военнослужащих, исповедующих правосл. веру. Отдел наследовал Духовному правлению при протопресвитере военного и морского духовенства (позднее - Протопресвитерскому совету), упраздненному в 1918 г.
До образования Отдела, в 90-х гг. XX в., работа по взаимодействию с силовыми структурами осуществлялась сектором ОВЦС по связям с Вооруженными силами и правоохранительными структурами. Синод выразил благодарность за понесенные труды по организации, расширению и координации взаимодействия Церкви с Вооруженными силами и правоохранительными структурами председателю ОВЦС митр. Смоленскому и Калининградскому Кириллу (Гундяеву; ныне Патриарх Московский и всея Руси), его заместителю прот. Виктору Петлюченко, заведующему сектором общественных связей свящ. Всеволоду Чаплину. Много потрудились в этом направлении также прот. Феодор Соколов, иерей Константин Татаринцев.
Взаимодействие армии и Церкви особенно активно наращивалось в тактическом звене, т. е. в войсковых и во флотских частях и подразделениях, в их повседневной жизни в местах постоянной дислокации (базирования), в ходе боевой подготовки, при выполнении учебно-боевых и специальных задач, а также надводных и подводных кораблей в морских походах, авиационных частей при учебно-боевых, боевых и транспортных полетах. Эту работу начинали приходские священнослужители, чьи храмы соседствовали с военными гарнизонами и чьи сотрудничество и человеческие связи с военными были давно налажены. Известно много примеров, когда священнослужители добровольно выезжали с силовиками в районы «горячих точек» в Ср. Азии, на Сев. Кавказе и Балканах, где пастырское окормление было весьма востребовано и духовная поддержка со стороны священников особенно ценилась солдатами.
Взаимодействие нового синодального учреждения с силовыми мин-вами, ведомствами и правоприменительной системой выстраивалось вначале на основе совместных заявлений о намерениях, а затем и соглашений, к-рые заключал в период с 1994 по 1997 г. с их руководителями патриарх Московский и всея Руси Алексий II.
В Уставе Синодального отдела определяются его цели и задачи: Отдел представляет РПЦ в ее взаимоотношениях с органами военного управления, правоохранительными органами и воинскими частями; регулярно информирует патриарха и Синод о событиях и мероприятиях, происходящих в сфере деятельности Вооруженных сил РФ и правоохранительных органов, затрагивающих интересы РПЦ; представляет патриарху и Синоду материалы и рекомендации для выработки позиции и принятия решений, касающихся взаимодействия РПЦ с органами военного управления, правоохранительными органами и воинскими формированиями, а также пастырской и духовно-просветительской деятельности среди военнослужащих, сотрудников правоохранительных органов и членов их семей; координирует взаимодействие канонических подразделений Русской Православной Церкви с органами военного управления, правоохранительными органами и воинскими формированиями; координирует практическую деятельность по пастырскому окормлению, духовному просвещению и нравственному воспитанию военнослужащих, сотрудников органов военного управления и правоохранительных органов, членов их семей; координирует в сотрудничестве с руководством митрополий и епархиальными архиереями вопросы взаимодействия канонических подразделений Церкви с органами военного управления, правоохранительными органами и воинскими формированиями; осуществляет церковно-общественную деятельность, в рамках своей ответственности, в областях науки, культуры, образования, патриотического воспитания, взаимодействия со средствами массовой информации; содействует Московской Патриархии, митрополиям, епархиям, приходам, мон-рям и иным каноническим подразделениям Русской Православной Церкви в их деятельности, в рамках своей ответственности; по благословению патриарха и Синода в контакте с епархиальными архиереями непосредственно осуществляет пастырскую, духовно-просветительскую и церковно-общественную деятельность среди военнослужащих, сотрудников органов военного управления и правоохранительных органов, членов их семей; взаимодействует в пределах своей компетенции с духовными образовательными учреждениями в сфере подготовки кадров священнослужителей и мирян, занятых пастырской и духовно-просветительской деятельностью; участвует в создании специальных курсов, кафедр, фак-тов и иных подобных духовных образовательных структур; содействует восстановлению применимых в совр. условиях традиц. форм и методов взаимодействия Церкви и армии, к-рые были сформированы в гос-ве Российском за 300-летнюю историю штатного военного духовенства; участвует в профессиональной религиеведческой доподготовке должностных лиц органов военного управления, ответственных за взаимодействие с традиц. религ. объединениями России; содействует принятию решений о порядке, условиях и сроках возвращения находящихся в ведении силовых министерств и ведомств зданий храмов и часовен РПЦ.
По мере наращивания деятельности Отдела в Вооруженных силах создавались условия для пастырской и катехизаторской работы духовенства и мирян РПЦ. Начали возрождать литургическую жизнь храмы, здания к-рых исторически находились на территориях военных гарнизонов, но использовались не по прямому назначению. Таких храмов в ведении Мин-ва обороны РФ осенью 2012 г. насчитывалось 158. По инициативе командования, поддержанной патриархом Московским и всея Руси Алексием II, Отделом и епархиальным священноначалием, во мн. местах началось строительство новых воинских храмов. В казармах и солдатских клубах появились молельные комнаты. Помещения для них выделялись решением командования, а внутренним убранством занималось военное духовенство при поддержке правящих архиереев.
К нач. III тысячелетия ок. 2 тыс. священнослужителей РПЦ окормляли верующих военнослужащих. Многие из этих священников имели опыт военной службы и священнический стаж. Тем не менее ощущалась необходимость организации их учебы по общим военным вопросам, требовалось также изучать и распространять новый опыт взаимодействия и пастырской работы. В связи с этим по инициативе Отдела стали ежегодно проводиться Всероссийские учебно-методические сборы военного духовенства.
При Православном Свято-Тихоновском богословском ин-те был организован Центр духовного образования военнослужащих, 14 его выпускников из числа офицеров запаса стали священнослужителями. При Военной академии РВСН был учрежден фак-т правосл. культуры, к-рый возглавил прот. Димитрий Смирнов. Подобная учеба была организована в нек-рых военных вузах столицы и др. городов России. Важными аспектами работы Отдела стали организация и проведение научно-практических конференций с участием военнослужащих, военного духовенства, представителей властных структур, широкой научной общественности и деятелей культуры.
В 2001 г. и. о. председателя Отдела был назначен настоятель московского храма Благовещения Пресв. Богородицы в Петровском парке прот. Д. Смирнов. В 2003 г. он стал председателем (журнал № 4 Синода от 7 мая 2003). Основные направления работы Отдела получили дальнейшее развитие: была реформирована структура Отдела, возникли новые направления деятельности, активизировались информационно-издательская работа, взаимодействие с силовыми структурами.
По инициативе Патриарха Московского и всея Руси Кирилла члены Межрелигиозного совета России обратились к Президенту Российской Федерации с коллективным письмом, в к-ром изложили просьбу возродить в Вооруженных силах России штатный институт военного духовенства. 21 июля 2009 г. глава гос-ва дал поручение министру обороны России «принять необходимые решения, направленные на поэтапное введение в Вооруженных силах Российской Федерации института воинских и флотских священнослужителей». С этого момента деятельность Отдела обогатилась новым содержанием и приобрела более конкретный, системный характер. Кроме того, решением Синода от 5 марта 2010 г. (журнал № 6) был создан Синодальный отдел по тюремному служению, к ведению к-рого отошли вопросы взаимодействия Церкви с учреждениями уголовно-исправительной системы РФ.
В 2013 г. исполняющим обязанности председателя Синодального отдела по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными учреждениями был назначен прот. Сергий Привалов (с апр. 2016 председатель), который продолжал наращивать взаимодействие с руководством силовых министерств и ведомств, а также много работал на местах - в епархиях и воинских формированиях. В период его деятельности было подготовлено Положение о военном духовенстве Русской Православной Церкви в Российской Федерации (решение Синода от 25-26 дек. 2013 - журнал № 141), активизировалась учебная, кадровая и аналитическая работа Отдела, начала трансляции интернет-радиостанция «Победа», было организовано пастырское окормление военнослужащих российской группировки в Сирийской Арабской Республике. 21 апр. 2019 г. за литургией в храме Христа Спасителя, к-рую возглавил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, прот. Сергий был хиротонисан во епископа Клинского с именем Стефан. В дальнейшем он принимал активное участие в организации богослужебной деятельности патриаршего собора Воскресения Христова - главного храма ВС РФ.
Решением Синода от 27 июля 2013 г. Синодальный отдел по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными учреждениями был переименован в Синодальный отдел по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными органами, на этом же заседании был утвержден устав Отдела.
В настоящее время новая структура Отдела включает в себя 10 секторов по взаимодействию с видами и родами Вооруженных сил, а также с войсками и воинскими формированиями, не входящими в состав Вооруженных сил (секторы Сухопутных войск, ВМФ, ВВС, РВСН, ВКО, ВДВ, Внутренних войск МВД, Пограничной службы ФСБ России, Федеральной таможенной службы, Федеральной службы охраны), 5 секторов по направлениям деятельности (секторы организационно-мобилизационный, информационно-издательский, информационно-аналитический, учебных заведений, общественных связей), сектор по взаимодействию с МВД.
В 2021 г. под рук. председателя Отдела еп. Бронницкого Савватия организована совместная с Главным военно-политическим управлением ВС РФ работа по формированию совр. концепции деятельности военного духовенства. Одновременно в центре и на местах велась подготовка к празднованию 800-летия со дня рождения св. блгв. вел. кн. Александра Невского.