К кон. 50-х гг. XVII в. С. жил в Александровом Свирском мон-ре, стал игуменом обители в 1659 г. В этом новом качестве С. был вызван в Москву для участия в Соборе 1660 г. по вопросу об оставлении Никоном (Миновым) Патриаршего престола. 27 февр. 1660 г. была назначена комиссия для подготовки выписок из соборных правил, а «у выписки… быть преосвященному архиепископу Маркелу Вологоцкому и Белоозерскому, и преосвященному архиепископу Илариону Рязанскому и Муромскому, и преосвященному Макарию, архиепископу Псковскому (и) Изборскому, Чюдова монастыря архимандриту Павлу, Александрова монастыря Свирскаго игумну Симану» (Дело о патр. Никоне. 1897. С. 54, 72). С. подписался под соборным деянием от 14 авг. 1660 г. о праве царя с Освященным Собором самостоятельно поставить нового патриарха (Там же. С. 111). По мнению Башнина, привлечение новопоставленного игумена отдаленного монастыря для участия в церковном Соборе можно объяснить покровительством, к-рое оказывал С. архимандритом Чудова мон-ря Павел (буд. митрополит Сарский и Подонский), с к-рым С. и в последующие годы сохранял дружеские отношения (Башнин. Архиеп. Вологодский. 2016. С. 19). По завершении Собора С. вернулся в Александров Свирский мон-рь, где в сент. 1660 г. была проведена перепись монастырского имущества в связи с его вступлением в должность настоятеля. В 1662 г. С. получил «память» о соблюдении условий Кардисского мира 1661 г. о свободной торговле подданных швед. короля в рус. городах. С. должен был следить за ситуацией на Александровской ярмарке, расположенной близ его обители (ДАИ. Т. 4. № 115. С. 269-272).
Осенью 1664 г. С. снова отправился в столицу, где 23 окт. по царскому указу и решению Освященного Собора был хиротонисан во епископа Вологодского и Белозерского с возведением в сан архиепископа. С. занял кафедру, вдовевшую после смерти 22 марта 1663 г. архиеп. свт. Маркелла. Во время хиротонии произошел неприятный инцидент: один из членов Символа веры С. произнес «по-старообрядчески» - «рожденна, а не сотворенна», чем вызвал гнев царя, который решил покинуть собор. Ситуация разрешилась вмешательством Сарского митр. Павла, убедившего царя в том, что это оговорка (Каптерев Н. Ф. Патр. Никон и царь Алексей Михайлович. Серг. П., 1912. Т. 2. С. 65; МДИР. Т. 6. С. 229-239). 9 дек. 1664 г. С. был отпущен в Вологду, спустя неделю он отправился в епархию через Троице-Сергиев мон-рь (см. Троице-Сергиева лавра). Когда С. находился в обители, из Москвы прибыл гонец с известием о неожиданном появлении в Москве патриарха Никона, однако вызывать С. в столицу не стали. 25 дек. 1664 г. архиерей был торжественно встречен жителями Вологды.
В связи с делом патриарха Никона С. приходилось часто совершать поездки в Москву и отвечать на правительственные запросы. В янв. 1665 г. Вологодский архиепископ должен был изложить свое мнение по делу Ростовского митр. Ионы (Сысоевича), принявшего благословение от патриарха Никона во время появления последнего в Успенском соборе Московского Кремля ночью 18 дек. 1664 г. С. ответил уклончиво: «И аз един сего виновна творить по правилу Карфагенского Собора 12-му и судити не ведаю. А иных в писании, скорости ради, не обретох. О сем, как вас Дух Святый вразумит, тако да сотворите» (цит. по: Башнин. Архиеп. Вологодский. 2016. С. 20). В февр. 1665 г. С. участвовал в прошедшем в Москве Соборе по делу митр. Ионы, подписал соборное деяние о лишении Ростовского митрополита статуса местоблюстителя Патриаршего престола. Еще не менее месяца С. находился в Москве, где решалась судьба остальных участников инцидента с патриархом Никоном и определялась кандидатура нового местоблюстителя. Им стал Сарский митр. Павел, о чем С. получил офиц. грамоту от 22 марта 1665 г., после чего, вероятно, уехал в епархию.
Спустя год С. принял участие в Большом Московском Соборе 1666-1667 гг. и подписал его деяния (ДАИ. Т. 5. № 102. С. 443, 444, 447, 448, 451, 452, 455-458, 475). В февр. 1666 г. при обсуждении на Соборе вопроса о приезде вост. патриархов С. написал записку о признании этих буд. участников Собора православными и о принятии греч. книг. Об участии С. в заседании 12 дек. 1666 г., на котором было принято решение о лишении сана патриарха Никона, в лит-ре высказывались разные мнения. Архиеп. Филарет (Гумилевский) считал, что С. уклонился от присутствия на этом заседании (Филарет (Гумилевский). История РЦ. Х., 1854. Ч. 4. С. 69). В тексте 14-го деяния Собора назван Вологодский архиеп. Симон, но на полях сделана приписка: «Астраханский» (Дело о патр. Никоне. 1897. С. 440). С. участвовал в следствии против учителей старообрядчества. В авг. 1665 г., после допроса Иоанна Неронова Сарским митр. Павлом, довершать следствие было поручено С. В февр. 1670 г. Вологодский архиепископ присутствовал на суде над иноком Авраамием.
Башнин выявил и опубликовал приходо-расходную книгу «московской езды» С., к-рая велась во время его поездки на Большой Московский Собор. Записи книги позволяют точно датировать время пребывания С. в Москве: 19 янв. 1666 г. он выехал из Вологды, 24 марта 1667 г. покинул Москву, задержавшись в столице более чем на год (Башнин. Архиепископ Вологодский... и его приходо-расходная книга. 2015). В Москве С. жил на епархиальном подворье в Китай-городе, в приходе ц. святых Космы и Дамиана в Ст. Панех (ныне Б. Черкасский пер.) (Щенкова О. П. Монастырские и архиерейские подворья Москвы: (По мат-лам кон. XVI-XVIII в.) // Архитектура рус. усадьбы. М., 1998. С. 58-59). В это время на подворье и в ц. во имя свт. Стефана Пермского был проведен значительный ремонт, обновлена ризница.
Местом ссылки патриарха Никона был определен Ферапонтов Белозерский в честь Рождества Пресвятой Богородицы мужской монастырь в Вологодской епархии. Контроль за пребыванием Никона в Ферапонтовом мон-ре стал для С. трудной обязанностью. В 1674 г. бывш. патриарх направил царю жалобу на С., укоряя последнего за то, что во время посещения Ферапонтова мон-ря в 1673 г. архиепископ «убытки… учинил великие» обители и лично Никону, забрав его лошадь. Никон также обвинял С. в завышении церковных сборов на строительство каменных архиерейских палат и в превышении власти в управлении мон-рями (Севастьянова. 2007. С. 509-510). С. получил от бывш. патриарха гневное письмо с обвинениями в несоблюдении постов, плохом понимании Свящ. Писания, неслужении по новоисправленным книгам и др. (Там же. С. 284-314). С. в свою очередь после поездки в Ферапонтов мон-рь сообщил приставу кн. С. Н. Шайсупову о том, что Никон не посещал церковные службы (Она же. 2003. С. 293). 16 мая 1676 г. было принято решение о переводе Никона в Кириллов Белозерский в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь. При передаче документов, связанных с Никоном, последний заявил, что указанные властями Ферапонтова мон-ря расходы на его содержание завышены. В конфликт вмешался С., по его поручению была проведена опись Ферапонтова мон-ря, в результате к-рой выяснилось, что сведения действительно были неверны (Дело о патр. Никоне. 1897. № 98. С. 365; Севастьянова. 2003. С. 293).
В кон. 60-х - нач. 80-х гг. XVII в. С. часто приезжал в Москву. В нач. 1667 г. архиепископ участвовал в выборе и поставлении патриарха Московского и всея Руси Иоасафа II, в мае этого года среди др. архиереев подписал настольную грамоту новопоставленному патриарху (Дело о патр. Никоне. 1897. С. 325). В 1674 г. С. принял участие в избрании и поставлении на Патриарший престол Иоакима (Савёлова) (ДАИ. Т. 5. № 26. С. 146). 15 окт. 1675 г. С. присутствовал на церковном Соборе, к-рый постановил привести границы епархий в соответствие с границами уездов по писцовым книгам (АИ. Т. 4. № 204. С. 259-263). 16 июня 1676 г. С. присутствовал на венчании на царство Феодора Алексеевича. Сохранилась приходо-расходная книга «московской езды» С. за 1676 г. (Адаменко, Башнин. 2017). В марте 1678 г. С. был на Соборе, посвященном вопросу о совершении чина шествия на осляти (ААЭ. Т. 4. № 223. С. 308-309). В янв. 1679 г. С. направил патриарху Иоакиму письмо с выражением согласия с решением Собора по делу Суздальского архиеп. Стефана, поскольку «за немощию» лично присутствовать в Москве не мог (Суворов. 1865. № 24. С. 967. Примеч. 2). В 1681-1682 гг. С. снова был в столице на Соборе. Сохранилась «тетрать записная всяким архиепископлим указом московской езды», из к-рой следует, что С. был в поездке 13 месяцев: с 11 янв. 1681 по 23 февр. 1682 г. (Башнин. 2014). Из документа следует, что, несмотря на отсутствие в епархии, С. был в курсе текущих дел и оперативно отдавал распоряжения. 21 февр. 1682 г. С. был «у руки» царицы Марфы Матвеевны с поздравлениями по случаю свадьбы с государем (ДАИ. Т. 9. № 93. С. 202).
Границы Вологодской епархии в период архиерейства С. неоднократно пересматривались. После образования в 1657 г. Вятской епархии (см. Вятская и Слободская епархия) возникли территориальные споры, продолжавшиеся неск. десятилетий. Спорным был г. Яренск с уездом, составлявший Усть-Вымскую десятину. По словам Вятского еп. Александра, эта территория была обещана ему патриархом Никоном. В 1658-1659 гг. спор еп. Александра с Вологодским архиеп. Маркеллом был решен царем в пользу последнего. Ситуация обострилась в 1674-1676 гг., когда развернулся ожесточенный спор за Яренск между Вятским еп. Ионой (Тугариновым) и С. Тексты посланий, к-рыми обменивались владыки, позволяют охарактеризовать эпистолярный стиль С. как жесткий и ироничный. Так, С., отвечая на аргумент еп. Ионы о том, что на спорной территории покоятся останки Пермских епископов, ответил, что Пермские владыки были похоронены также и в Вологде, и в Москве, после чего задал риторический вопрос: «По тому ли его епископле желание исполнити?» - т. е. передать в Вятскую епархию и эти земли (Покровский. 1897. С. 304). Несмотря на упорство С., 30 июня 1676 г. было принято решение о передаче Яренского у. с Усть-Вымью и Вожемью Вятской епархии (ДАИ. Т. 7. № 18. С. 126-128; Покровский. 1897. С. 305).
В 1658 г. взамен утраченных в связи с образованием Вятской епархии земель в ведение Вологодского владыки был передан Пошехонский у., в 1676 г. эти земли были возвращены Ростовской кафедре. По мнению И. М. Покровского, это было сделано потому, что С. «не пользовался особой милостию» патриарха Иоакима (Савёлова) (Покровский. 1897. С. 306-307). С исследователем трудно не согласиться. В 1673 г., во время голода в Вологде, С. получил выговор от патриарха Питирима за то, что от Вологодского архиерея на Пасху не было привезено «икон и золотых»; по-видимому, выговор был сделан по инициативе Новгородского митр. Иоакима (Савёлова), управлявшего общецерковными делами при немощном патриархе Питириме. Осенью 1683 г. С. писал патриарху Иоакиму, призывавшему его в Москву, что ехать «за болезнью невозможно»; весной 1684 г., все еще будучи больным, он снова просил об отсрочке. Патриарх послал в Вологду специальную комиссию, чтобы удостовериться в болезни С. В 1682 г. была образована Великоустюжская епархия. Спустя 2 года устюжане подали челобитную с жалобой на бедность новой епархии, прося передать в ее состав, в архиерейскую вотчину, владения С. в Усольском у. по рекам Вычегде и Виледи, а также Ибскую вол. с приселками и деревнями в Яренском у. на р. Выми Вятской епархии. С. удалось убедить царей Иоанна V Алексеевича и Петра I Алексеевича и сохранить владения.
С. был рачительным хозяином и заботливым архипастырем, отстаивавшим интересы Вологодского архиерейского дома и своей паствы. В 1671 г. он обратился к царю с челобитной, в к-рой просил своих «домовых детей боярских в посылки (от воевод для «государева дела».- И. У.) посылать не велети», потому что на государеву службу из Вологодского архиерейского дома уже послано 120 чел. (ДАИ. Т. 6. № 28. С. 171). Просьба С. была удовлетворена. Во время неурожая и голода в Вологодском у. в 1671-1672 гг. С. открыл житницы архиерейского дома для продажи зерна по невысоким ценам. Архиерей обратился к царю с просьбой о списании земских долгов с населения Вологды. В своих письмах митр. Сарскому Павлу и митр. Рязанскому Илариону он описывал страшные события в голодавшей Вологде: «Матери детей своих в реку и по улицам мечют, а иные и сами с детми топятца», странноприимный дом при ц. вмч. Димитрия Солунского наполнился телами «от гладу скончавшихся» (Суворов. 1865. № 23. С. 931-932). С. выражал возмущение запретом на переселение голодающих людей в Сибирь. Гос. сборы с монастырских и архиерейских крестьян епархии в эти годы С. распорядился оплатить из архиерейской казны, а вологодский стряпчий по распоряжению С. обивал пороги московских приказов, добиваясь списания недоимок. Неоднократно С. распоряжался «подрать» старые кабалы, по к-рым заемщики и их наследники не могли выплатить денег. Известно, что так С. поступал в 1667 г. («изодрано» кабал почти на 500 р.) и 1679 г. (на 1600 р.) (Там же. № 24. С. 965). В 1683 г. С. из своей казны оплатил церковные налоги на 1713 р. «в помин… по своей… душе» (Башнин. Архиеп. Вологодский. 2016. С. 32). Традиционными для С. на протяжении всего архиерейства были щедрые раздачи милостыни нищим. В 1676 г. архиерей помог деньгами Ю. Г. Крижаничу, освобожденному из тобольской ссылки.
С. активно занимался строительством. В 1667-1675 гг. был построен каменный архиерейский дом с домовой ц. в честь Рождества Христова, возведена каменная ограда архиерейского двора. На обвинения в растрате денег при устройстве архиерейского дома С. отвечал, что строительство было задумано для того, чтобы дать голодающим работу и пропитание,- работали «из хлеба безденежно» (Суворов. 1865. № 24. С. 959). В 1672 г. он благословил возведение новой каменной соборной ц. свт. Василия Великого в Белоозере (ныне Белозерск) на месте «ветхой» (ДАИ. Т. 6. С. 201. № 45). За счет архиерейской казны С. организовал строительство и содержание в вологодском Горнем Успенском мон-ре богадельни («новой больницы») и завещал своим преемникам не прекращать это богоугодное дело (Башнин. Архиеп. Вологодский. 2016. С. 31).
С. имел обширную б-ку. Башнин указал на некорректность выводов Коноваловой о составе и объеме б-ки С. (Коновалова. 1979. С. 133), поскольку выводы исследовательница сделала на основании описи архиерейской, а не личной казны С. Более точные данные в этом отношении содержит завещание С., в к-ром указаны 43 книги (Роспись келейной рухляди. 1865). В завещании названы 3 книги, к-рые С. переписал собственноручно: «Книга писменая Исаака Сирина, в нейже припись аввы Дорофея из Лествицы и Ниловы главы Сорского, писмо той книги преосвященного Симона архиепископа»; «Книга в полдесть Василия Великого, письменая с приписми, писмо та книга преосвященного Симона архиепископа, в нейже о Святем Дусе, печатное»; «Книга Служебник в тетратках, выписан с печати на перечет, архиепископле же писмо». Мн. книги в б-ке С. были представлены 2 и более экземплярами - для раздачи, продажи, дарения. Находясь в Москве, архиерей покупал книги «для науки подиаком» (Башнин. Архиеп. Вологодский. 2016. С. 32).
Сохранились, но до наст. времени не опубликованы письма С., адресованные патриарху Иоасафу II, митр. Сарскому Павлу, Рязанскому митр. Илариону. Переписка в 1671 г. была посвящена просьбе С.: после его смерти предать тело земле как можно скорее, не дожидаясь, когда в Вологду прибудет архиерей для совершения этого чина по всем правилам; вероятно, в это время, когда Вологодская земля страдала от голода, архиерей был серьезно болен. С. предложил следующий порядок: «Егда благоволит ми Господу Богу жизнь сию скончати, и труп мой да предан будет земли немедленно Вологодской архиепископии архимандриты, и игумены, и прочими освященново чина, а вместо посланнаго архиерея для такова дальнево разстояния да прочтится пресвятейшаго папы и патриарха (Паисия Александрийского.- И. У.) и твоя отеческая разрешальные грамоты от ваших архипастырских лиц отцем моим духовным и прочими и во гроб положатся» (Там же. С. 34) (по-видимому, С. сблизился с Александрийским патриархом Паисием во время пребывания последнего в Москве в 1666-1669). Просьба С. была поддержана др. архиереями, С. было предложено составить завещание с подробными указаниями на случай его кончины. В Вологду были посланы разрешительные грамоты от патриархов Александрийского Паисия и Московского Иоасафа II.
Последняя поездка С. в Москву состоялась летом 1684 г., тогда, как полагают исследователи, архиерей получил разрешение удалиться на покой «за немощь, скорби его и великия болезни», а на Вологодскую кафедру был поставлен Гавриил (Кичигин). С. удалился в вологодский Димитриев Прилуцкий в честь Всемилостивого Спаса, Происхождения Честных Древ Креста Господня мужской монастырь, где и скончался, погребен за алтарем соборной церкви. По мнению Суворова, род С. записан в синодике вологодского Софийского собора (Суворов. 1865. № 24. С. 978).