1-й том алфавитный том «Православной Энциклопедии», изданный в 2000 году, начинается с буквы «А». Первой статьёй, открывающей череду публикаций не только данного тома, но и всего монументального труда, является материал, посвящённый букве «А». Оканчивается том статьёй, посвящённой Константинопольскому Патриарху Алексию Студиту.

2-й том «Православной Энциклопедии», продолжающий публикацию статей на букву «А», открывает статья «Алексий, Человек Божий», завершается же данное издание публикация «Анфим Анхиальский».

3-й том «Православной Энциклопедии» продолжает публикацию статей на букву «А». Издание открывает статья «Анфимий», завершается он публикацией «Афанасий».

4-й том «Православной Энциклопедии» завершает публикацию статей на букву «А» и начинает череду статей на букву «Б». Открывает данный том статья «Афанасий», завершает в свою очередь, статья «Бессмертие».

5-й том «Православной Энциклопедии», выпущенный в 2002 г., продолжает публикацию материалов на букву «Б». Открывает том исследование, посвящённое П.А. Бессонову, русскому филологу-слависту и этнографу. Завершается издание статёй «Бонвеч», посвящённой немецкому протестантскому теологу и историку Церкви.

6-й том «Православной энциклопедии», выпущенный в 2003 г., завершает серию публикаций на букву «Б» и начинает чреду статей на букву «В».Открывает том статья, посвящённая Бондаренко Илье Евграфовичу, русскому архитектору, автору проектов  ряда храмов, в частности старообрядческого храма Воскресения Христова и Покрова Божией матери в Токмаковом пер., 17. Завершает данный том статья «Варфоломей Эдесский» (ок. IX в.), посвящённая византийскому полемисту с исламом.

Изданный в 2004 г. 7-й том «Православной Энциклопедии» продолжает публикацию статей на букву «В».Открывает том статья, посвящённая Варшавской епархии Русской Церкви, завершает том статья «Веротерпимость».

Изданный в 2004 г. 8-й алфавитный том «Православной Энциклопедии» продолжает публикацию статей на букву «В».Открывает 8-й том статья «Вероучение», завершает исследование, посвящённое Владимиро-Волынской епархии — одной из древнейших в Русской Церкви.

Изданный в 2005 г. 9-й том «Православной Энциклопедии» продолжает публикацию статей на букву «В».Открывает данный том обширная статья о почитаемой в России Владимирской иконе Божией Матери. Завершает издание весьма важная статья богословского содержания «Второе пришествие».

10-й том «Православной Энциклопедии», увидевший свет в 2005 г.,открывается статьей «Второзаконие» и заканчивается статьей «Георгий, сщмч., еп. Загорский». В 10-й том вошло 552 статьи. В этом томе заканчиваются статьи на букву «В» и начинаются материалы на букву «Г».

11-й том «Православной Энциклопедии», вышедший в свет в 2006 г., продолжает публикацию статей на букву «Г».Том открывает статья, посвященная священномученику Георгию (Архангельскому) — одному их тысяч новомучеников Российских ХХ века. Завершается том публикацией, посвященной Франциску Гомару, нидерландскому теологу-кальвинисту конца XVI – 1-й половины XVII в.

В 12-й том «Православной энциклопедии», изданный в 2006 г., вошло 339 статей на букву «Г». Первая статья тома посвящена Гомельской и Жлобинской епархии Белорусского Экзархата (Русская Православная Церковь), основанной в 1925 г. Последняя статья тома рассказывает о Григории Пакуриану, византийском полководце грузинского происхождения, соратнике императора Алексия Камнина (1081 – 1118).

В  13-й алфавитный том «Православной энциклопедии», изданный в 2007 г., вошло 366 статей – от «Григорий Палама» до «Даниель-Ропс». В этом томе закончена публикация статей на букву «Г» и начато издание материалов на букву «Д». Кроме текстовых материалов, том содержит 512 иллюстраций и 10 подробных карт.

14-й том «Православной энциклопедии», увидевший свет в 2007 г., открывается объемной статьей «Даниил, пророк ветхозаветный», за которой следуют несколько десятков статей о святых Даниилах. В их числе – Даниил Заточник, преп. Даниил Столпник, Даниил Александрович, святой князь Московский. Заканчивается том статьей «Димитрий [Деметрий], имена 2 сир. царей из династии Селевкидов».

В 15-й алфавитный  том  «Православной Энциклопедии», изданный в 2007 г., вошли статьи 399 научных статей и более 434 иллюстраций. Том открывает статья «Димитрий (Ростовский)». Завершается том материалом «Дополнения к «Актам Историческим»».Основными и наиболее объемными статьями нового  тома  являются богословские статьи.

В 16-й  том «Православной  энциклопедии», опубликованный в 2008 г., вошли статьи на буквы «Д» и «Е» —  от «Дор» до «Евангелическая церковь союза». Всеготом содержит 320 богословских, философских, исторических, культурологических, страноведческих и церковно-искусствоведческих статей и материалов, связанных с историей Христианства, Русской Православной Церкви, других Поместных Православных Церквей и различных конфессий.

Отличительной чертой  17-го тома «Православной   энциклопедии», изданного в 2008 г.,  является наличие больших богословских, философских, исторических, страноведческих и церковно-искусствоведческих статей, связанных с историей Христианства, Русской Православной  Церкви, других Поместных Церквей и конфессий.

В 18-м томе «Православной Энциклопедии» значительное место отведено статьям о важнейших понятиях христианского вероучения, церковной организации, духовной жизни:  «Единородный сыне», «Елеопомазание», «Елеосвящение», «Ектения», «Епархиальное собрание», «Епархиальное управление», «Епархия», «Епископ», «Епископия», «Единоверие», «Ересь», «Епитимия» и др.

В 19-м томе закончена публикация статей на букву «Е», начатая в 16-м томе энциклопедии. В новый том «Православной Энциклопедии» полностью вошел весь комплекс статей на букву «Ж», начато издание материалов на букву «З».

20-й том «Православной Энциклопедии» стал первым томом, который был подгтовлен и вышел в свет под редакцией нового Предстоятеля Русской Православной Церкви — Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла.

21-й том «Православной Энциклопедии» продолжает публикацию статей на букву «И». Том открывают статьи, посвященные чудотворной Иверской иконе Пресвятой Богородицы и ее чтимым спискам, а также Иверскому монастырю на Святой Горе Афон.

22-й том «Православной Энциклопедии» (Икона - Иннокентий) содержит обширные материалы по тематике иконописания и иконопочитания. Том открывает статья «Икона», в которой подробно рассказывается как о православном богословии иконы, так и месте иконы в литургической традиции Православной Церкви.

23-й том «Православной Энциклопедии»открывают и завершают статьи, посвященные подвижникам, отдавшим жизнь за Христа. Первая статья нового тома посвящена епископу Каширскому Иннокентию (Клодецкому) — одному из многотысячного сонма русских священнослужителей, пострадавших в годы безбожных гонений на Церковь в советской России. Завершает том материал об Иоанне Влахе — молдо-валашском мученике XVII в.undefined

24-й том «Православной Энциклопедии»продолжает публикации материалов на букву «И». Его открывает статья «Иоанн Воин», посвященная мученику IV столетия, который весьма почитался в Древней Руси. Практически весь том занимают статьи, повествующие о святых, иерархах, подвижниках монашеской жизни и прочих религиозных деятелях, которые носили имя «Иоанн». Завершает том обширнейшая публикация, темой которой стало «Иоанна Богослова Откровение» - последняя книга Нового Завета, также известная под названием «Апокалипсис».

25-й том «Православной Энциклопедии» продолжает публикации материалов на букву «И». Его открывает статья «Иоанна деяния», посвященная раннехристианскому апокрифу, который описывает служение св. апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Завершает том крупный материал, повествующий об Иосифе (Шумлянском, 1643-1708), епископе Львовском и Каменец-Подольском, который в 1700 г. открыто перешел в унию вместе со своей епархией и положил начало Униатской церкви в Галиции.

26-й том «Православной Энциклопедии» продолжает публикации материалов на букву «И». Его открывает статья «Иосиф I Галисиот», посвящённая Патриарху Константинопольскому, противнику заключения унии Константинопольской Церкви с Римом. Завершает новый том обширная статья, посвящённая преподобному Исааку Сирину, епископу Ниневейскому, автору аскетических творений.

27-й том «Православной Энциклопедии» открывает статья, посвященная прп. Исааку Сирину (Сполетинскому), подвижнику сирийского происхождения, который подвизался в VI в. на территории современной итальянской провинции Умбрия.