РПЦ, существовал в 1946-1948 гг. с центром в Вене и в 1960-1990 гг. с центром в Берлине. В окт. 1946 г. состоялось воссоединение с РПЦ рус. правосл. общин на территории вост. части Германии и Австрии: берлинских храмов в честь Воскресения Христова (ранее кафедральный собор Среднеевропейского митрополичьего округа РПЦЗ), во имя кн. равноап. Владимира, во имя равноапостольных Константина и Елены на Тегельском правосл. кладбище, а также Александро-Невского храма в Потсдаме, храма во имя прп. Симеона Дивногорца в Дрездене, храма-памятника во имя свт. Алексия, митр. Московского, в Лейпциге, венского храма во имя свт. Николая Чудотворца с приписной кладбищенской Лазаревской ц. Берлинские храмы находились в зонах оккупации зап. держав, остальные - в советской зоне оккупации. Временным управляющим приходами РПЦ в Германии был назначен пребывавший в Берлине архиеп. Брюссельский Александр (Немоловский; впосл. митрополит), викарий экзарха Западноевропейского Экзархата РПЦ митр. Евлогия (Георгиевского). Синод РПЦ предложил архиеп. Александру в случае обращения духовенства рус. правосл. приходов в зап. оккупационных зонах Германии воссоединять их с Московским Патриархатом и принимать под свое духовное окормление, однако все рус. приходы на западе Германии оставались в то время в юрисдикции РПЦЗ.
5 июня 1946 г. постановлением Синода РПЦ пребывавший ранее в Праге викарий Западноевропейского Экзархата архиеп. Сергий (Королёв) был назначен архиепископом Венским «с поручением ему управления русскими православными церквами в Австрии, с дальнейшим поручением ему управления русскими церквами в Венгрии, после их принятия в юрисдикцию Московской Патриархии, с местопребыванием в г. Вене, с оставлением его викарием Западно-Европейского Экзархата». В связи с задержкой в решении вопроса с правосл. приходами в Венгрии архиеп. Сергий в управление ими не вступил. При поддержке советской военной администрации в Австрии был проведен капитальный ремонт кафедрального Николаевского храма в Вене, ставшего кафедральным собором. 21 окт. 1946 г. архиеп. Сергий был назначен патриаршим экзархом Среднеевропейских православных русских церквей с местопребыванием в Вене. Продолжавший находиться в Берлине и управлявший приходами РПЦ в Германии архиеп. Александр был назначен викарием Среднеевропейского Экзархата. 16 нояб. 1948 г. Среднеевропейский Экзархат был упразднен. Архиеп. Сергий был назначен правящим архиереем новоучрежденной Берлинской и Германской епархии РПЦ с местопребыванием в Берлине, архиеп. Александр переведен на Брюссельскую и Бельгийскую кафедру. Фактически Экзархат был преобразован в епархию с центром в Берлине, в к-рую входили приходы как в Германии, так и в Австрии (с 1951 в качестве отдельного благочиния).
30 июня 1960 г. определением Синода РПЦ был вновь образован Экзархат Средней Европы. Экзархом - епископом Среднеевропейским - был назначен еп. Иоанн (Вендланд; с 1961 архиепископ, впосл. митрополит). Местопребыванием экзарха был определен Берлин. Кафедральным храмом Экзархата стал берлинский собор Воскресения Христова. В состав Экзархата в тот момент входили 10 приходов, в т. ч. 3 - в ГДР, 3 - в Зап. Берлине, 2 - в ФРГ и 2 - в Австрии. С мая 1961 г. в Берлине возобновилось издание на нем. языке ж. «Голос Православия» (Stimme der Orthodoxie) как печатного органа Экзархата. После назначения архиеп. Иоанна экзархом Сев. и Юж. Америки 10 июня 1962 г. в. у. Среднеевропейским Экзархатом было поручено викарному Лужскому еп. Филарету (Денисенко; впосл. лишен сана, см. ст. Денисенко М. А.). 10 окт. того же года экзархом Ср. Европы был назначен архиеп. Сергий (Ларин) с титулом «Берлинский и Среднеевропейский». 16 нояб. 1962 г. в составе Экзархата была образована Венская и Австрийская епархия. 1 янв. 1964 г. было создано благочиние приходов в ФРГ, его возглавил настоятель Крестовоздвиженского храма в Мюнхене прот. И. В. Зуземиль (впосл. митр. Ириней). 20 мая 1964 г. экзархом Ср. Европы был назначен занявший Берлинскую кафедру архиеп. Киприан (Зёрнов). 28 нояб. 1965 г. в составе Берлинской епархии было образовано Тегельское вик-ство, которое возглавил еп. Ионафан (Кополович), а 30 янв. 1965 г.- Западногерманское вик-ство во главе с еп. Иринеем (Зуземилем). После ухода архиеп. Киприана на покой 23 июня 1966 г. еп. Ионафан был назначен временно исполняющим обязанности экзарха и временно управляющим Берлинской, а с 7 июля того же года - и Венской епархией; он был возведен в сан архиепископа. 7 окт. 1967 г. в связи с назначением архиеп. Ионафана экзархом Сев. и Юж. Америки экзархом Ср. Европы стал архиеп. Владимир (Котляров; впосл. митрополит). 1 дек. 1970 г. его сменил назначенный на Берлинскую кафедру архиеп. Леонтий (Гудимов).
11 авг. 1970 г. решением Синода на север ФРГ для устроения там церковных дел был направлен архиеп. Алексий (ван дер Менсбрюгге), которому 1 дек. того же года был присвоен титул «Северогерманский». 24 февр. 1971 г. на территории ФРГ в составе Среднеевропейского Экзархата были образованы самостоятельные Баденская и Баварская епархия под упр. еп. Иринея (Зуземиля) и Дюссельдорфская епархия под упр. архиеп. Алексия (ван дер Менсбрюгге). Среднеевропейский Экзархат в это время состоял из 13 приходов и 4 епархий. В Баденско-Баварской и Дюссельдорфской епархиях насчитывалось по 2 прихода (в Мюнхене, Баден-Бадене, Дюссельдорфе и Кёльне), в Берлинской - 7 приходов (в т. ч. 3 прихода в благочинии Зап. Берлина), в Венской епархии - 2 прихода. 18 апр. 1973 г. архиеп. Леонтий был освобожден от управления Берлинской епархией и Среднеевропейским Экзархатом. Новым патриаршим экзархом Ср. Европы был назначен переведенный на Берлинскую кафедру архиеп. Филарет (Вахромеев; с 1975 митрополит). После назначения митр. Филарета на Минскую кафедру 10 окт. 1978 г. патриаршим экзархом Ср. Европы стал архиеп. Мелхиседек (Лебедев). 26 дек. 1984 г. главой Экзархата назначен архиеп. Феодосий (Процюк; впосл. митрополит), к-рого 29 июля 1986 г. сменил архиеп. Герман (Тимофеев; ныне митрополит).
Среднеевропейский Экзархат прекратил существование после решения Архиерейского Собора РПЦ 30-31 января 1990 г. об упразднении зарубежных Экзархатов; входившие в его состав епархии перешли под непосредственное управление Синода и Отдела внешних церковных сношений.